由於冷卻水在冷卻過程中不斷地蒸發，使水中含鹽濃度不斷增高，超過某些鹽類的溶解度而沉澱。常見的有碳酸鈣、磷酸鈣、矽酸鎂等垢。水垢對熱交換率示意圖，水垢大大的降低了傳熱效率，並提高了電力的耗損。

冷卻水對換熱設備的腐蝕，主要是電位腐蝕，產生的原因有設備製造缺陷、水中充足的氧氣、水中腐蝕性離子（Cl-、Fe2+、Cu2+）以及微生物分泌的黏液所生成的污垢等因素，腐蝕的後果十分嚴重，不加控制極短的時間即使換熱器、輸水管路設備報廢。

退伍軍人菌，它是一種喜氧的革蘭氏陰性桿菌，退伍軍人菌可於環境中(包括：水及泥土)存活相當長的時間，且能持續維持其致病性；其中水是退伍軍人菌天然生長處，靜置不流動的水亦是生長之溫床。至於其傳播途徑則以直接吸入為主，尤其經由噴霧狀之水氣，其來源包括：冷卻水塔。
因為冷卻水中溶有充足的氧氣、合適的溫度及富養條件，很適合微生物及細菌的生長繁殖，如不及時控制將迅速導致水質惡化、發臭、變黑，冷卻塔大量黏垢沉積甚至堵塞，冷卻散熱效果大幅下降，設備腐蝕加劇。

 腐蝕：鍋爐給水中的雜質可以分為三種類型:溶解固體;溶解氣體;懸浮物質。對於中壓鍋爐，給水預處理可以將鹽類物質處理在很低的水平，電導率一般都會小於5μs/cm2(高壓鍋爐小於0.2)，硬度為0，因此結垢問題不會在給水管線和設備上發生，但進入鍋爐後，由於鍋爐的蒸發濃縮，會產生矽及腐蝕產物的沉積問題。然而，由於給水中的溶解氣體(O2和CO2)和回水中的腐蝕產物(Fe或Cu)，會導致給水系統的腐蝕問題。
 溶解氧：給水中的溶解氧是鍋爐及輔助設備腐蝕的主要原因。
 沈積物：鍋爐的蒸發會導致雜質濃縮，水中的雜質和沉積物會導致結垢和沉積物腐蝕，鍋爐給水中含有銅和鐵時，會在金屬受熱面上形成銅垢或鐵垢，由於金屬表面與銅垢、鐵垢沉積物之間的電位差異，從而引起了金屬的局部腐蝕，這種腐蝕一般是坑蝕。
 鍋水夾帶：即鍋水雜質成份進入蒸汽，影響蒸汽的品質。夾帶的起因可能是物理的或化學的。物理原因包括:鍋爐操作(突然負荷改變、水量增加等)、泄漏/破裂和不充分或較差的蒸汽分離設備。化學原因包括更高的鍋水固體或矽含量或給水中的油、有機物質或冷卻水中的污染物。
 冷凝水：冷凝水是由蒸汽做功之後凝結而成的，水質應該是非常純的，但若凝結水管線未受到保護，會產生一系列問題。蒸汽在低pH運行導致的腐蝕、給水加氨導致的氨蝕或鍋水的夾帶引入的鈉、矽等易在蒸汽管線和汽輪機上沉積，產生電位腐蝕生成金屬腐蝕產物。

1.無機廢水:主要含酸鹼廢液及重金屬等污染物
2.有機廢水:主要含有機污染物之廢水
因應不同之處理方法亦可分兩大類：
1.物理化學處理:主要用於去除無機物或具沉降性、漂浮性或可吸附性之有機物
2.生物處理:主要利用微生物分解去除溶解性有機物。

1.經由生物細胞合成轉換成無害化有機污泥
2.最終產物則是排出穩定乾淨的放流水與含高熱值有機性生物污泥
3.相較於物化處理增生無機性化學污泥，生物處理僅產出有機物轉化之生 物污泥，更符合污泥減量化

1. 分散的生長：如果分散的細胞純在有很高的數量時會造成放流水的混濁。當膠羽無法結合成生物膠羽團時，細菌就會分散的生長，此現象是由於高BOD負荷與水中溶氧不足所致。毒性物質也會造成分散生長。
2. 非絲狀的膨化：此現象有時稱菌膠團膨化，是因為活性污泥中發現細菌生產超量的外多醣纇，結果降低了膠羽的沉降性和緊密性。
3. 極為小的膠羽：是由於污泥膠羽分裂，瓦解成細小碎片。絲狀菌是構成活性膠羽的骨幹，所以，當期數目太低，膠羽失去結構，造成較差的沉降性與增加放流水的混濁。
4. 絲狀的膨化：是由於污泥內的絲狀菌過度生長所致，造成沉澱池內固體物的沉降緩慢與壓縮性差，因為絲狀菌造成膨化發生時，強氧化劑如氯氣及過氧化氫通常用來殺死細菌，然而這些 化學藥劑雖會殺死絲狀菌，但也會殺死 floc-forming bacteria。當使用過量時，系統中的微生物皆會受到影響，因此很難找到單單控制絲狀菌膨化的物質。